1590 war es Schauplatz des Emmendinger Religionsgesprächs. Nach kurzer Residenzzeit diente das Schloss als Amtssitz für die Landvögte der Markgrafschaft Hachberg, später als Burgvogtei.
1833 ging es in den Besitz der Stadt über, die im Schloss ein Spital einrichtete. Heute sind hier die Museen im Markgrafenschloss untergebracht.
Im Fotomuseum Hirsmüller wird die Firmen- und Familiengeschichte des Emmendinger Fotohauses Hirsmüller (1861 – 1993) gezeigt. Die Rekonstruktion des Ladengeschäftes und des Ateliers mit Labor und Arbeitsräumen sowie eine große Kamerasammlung werden ausgestellt. Zudem finden Sonderausstellungen historischer und zeitgenössischer Fotografie statt. Das Fotomuseum Hirsmüller ist Teil der Städtischen Sammlung im Museum im Markgrafenschloss.
